差分

このページの2つのバージョン間の差分を表示します。

--- freebsd:freebsd_12_install_foldingathome [2020-03-29 00:57]
Decomo 作成
+++ freebsd:freebsd_12_install_foldingathome [2020-03-29 11:25] (現在)
Decomo
@@ 行 1: / 行 1: @@
 ====== FreeBSD 12とFolding@homeで新型コロナウイルス解析に参戦する ======
+流行りに乗じて新型コロナと絡めてみたけど、単にFreeBSD 12でFolding@homeを動かそうっていうお話。
+以前にもやったことあったなぁ…とサイト内をあさってみたら、ちょうど14年前だった（[[blog:2006:2006-03-27]]）。VIA C3のマシンで運用してた記憶。当時はまだportsがなかったけど、記事書いたのが3月、portsが出来たのが8月のようで、振り返ってみるとちょっとの差だったんだなと中々に感慨深い。
+しかしあれから14年か…。
 ===== 試した環境 =====
@@ 行 7: / 行 11: @@
   * FreeBSD 12.1-RELEASE-p3
   * linux_base-c7-7.7.1908_1
-  *
+  * linux-foldingathome-7.5.1.1_1
 ===== インストール =====
@@ 行 18: / 行 22: @@
 # portsnap biology/linux-foldingathome
 </code>
+専用ユーザーfahclientが追加されるんだけど、2020-03-29現在、ユーザーDBの更新が正しく行われず有効なユーザーとして認識されないので手動で更新する。''pw''コマンドでfahclientユーザーの情報が表示されればOK。
+<code>
+# pwd_mkdb -p /etc/master.passwd
+# pw usershow -n fahclient
+fahclient:*:246:246::0:0:Folding@home User:/nonexistent:/usr/sbin/nologin
+</code>
+fahclientユーザーが使えない状態では、「su: unknown login: fahclient」と怒られてサービスとして起動できなかったりする。
 ===== Linuxエミュレータの設定 =====
@@ 行 35: / 行 48: @@
 ここで再起動するか、自前でカーネルモジュールを読み込む＆上記FS類をマウントする。
 <code>
+# reboot
+または
 # kldload linux64
 # mount /compat/linux/proc
@@ 行 45: / 行 60: @@
 Folding@homeのデフォルトの作業ディレクトリは''/var/db/fahclient''となっており、ここに配置した解析プログラムを実行するようになっている。
-ZFS環境の場合、通常''/var/db''以下はexecプロパティがoffでプログラム実行が許可されていない。よってexec=onでFSを作ってしまう。もし作るのが嫌なら''/usr/local/etc/rc.d/fahclient''をいじって作業ディレクトリの場所を変更すべし。
+ZFS環境の場合、通常''/var/db''以下はexecプロパティがoffでプログラム実行が許可されていない。よってexec=onでFSを作ってしまう。所有者の変更も忘れずに行う事。
+もしFS作るのが嫌なら''/usr/local/etc/rc.d/fahclient''をいじって作業ディレクトリの場所を変更すべし。
 <code>
 # zfs create -o exec=on zroot/ROOT/var/db/fahclient
+# chown -R fahclient:fahclient
+</code>
+fahclientの実行ログを見るかぎり、''/usr/local/etc/fahclient/''以下の所有者も変えた方が良さそう。
+<code>
+# chown -R fahclient:fahclient /usr/local/etc/fahclient/*
 </code>
@@ 行 60: / 行 83: @@
 <code>
 # sysrc fahclient_enable="YES"
-</code>
--03-29現在、Folding@homeを立ち上げようとすると
-<code>
-Starting fahclient.
-su: unknown login: fahclient
-/usr/local/etc/rc.d/fahclient: WARNING: failed to start fahclient
-</code>
-と怒られて起動しない。fahclientユーザーが正しく反映されてないようなので、pwd_mkdbコマンドでユーザーDBを手動で更新してやる。''pw''コマンドでfahclientユーザーの情報が表示されてればOK。
-<code>
-# pwd_mkdb -p /etc/master.passwd
-# pw usershow -n fahclient
-fahclient:*:246:246::0:0:Folding@home User:/nonexistent:/usr/sbin/nologin
 </code>
@@ 行 79: / 行 89: @@
 # service fahclient start
 </code>
+''service fahclient log''でズラズラとログが出たり、topでFAHClient/FahCore_xxあたりのプロセスが動いてれば解析が行われている。
 ===== トラブルシューティング =====
-手動で起動する場合
+==== アプリケーション起動 ====
+デーモンではなく単発アプリケーションとして起動したい場合は、以下のようにする。
 <code>
 # /usr/local/bin/FAHClient --config=/usr/local/etc/fahclient/config.xml
 </code>
+==== CPU割り当ての最適化 ====
+Foldgin@homeはFolding slot単位でWUの割り当てを行うが、標準では1スロットに全CPUスレッドを割り当てる構成となっている。そしてスロットの処理能力に適したWUが割り当てられるっぽいが、多コアCPUの場合これが徒となり、WUが降ってこない原因ともなるようだ。
+そんな時は、あえて4スレッド程度のスロットを複数個作った方が、効果的にWUの割り当てが行われるっぽい。
+<code>
+<config>
+  ...
+  <!-- Folding Slots -->
+  <!-- 8C/16TのCPUで4スレッド×4スロットにする -->
+  <slot id='0' type='CPU'>
+    <cpus v='4'/>
+  </slot>
+  <slot id='1' type='CPU'>
+    <cpus v='4'/>
+  </slot>
+  <slot id='2' type='CPU'>
+    <cpus v='4'/>
+  </slot>
+  <slot id='3' type='CPU'>
+    <cpus v='4'/>
+  </slot>
+</config>
+</code>
+===== 参考サイト =====
+  * [[https://foldingathome.org/|olding@home – Fighting disease with a world wide distributed super computer.]]